O R é um programa livre multiplataforma para análises estatísticas que pode ser baixado em seu site ou adicionado na lista de repositórios de máquinas linux. Suas possibilidades de aplicação em diversas áreas são praticamente ilimitadas.
Neste blog postarei o resultado de minha experiência em sua utilização nas áreas de dinâmica de populações de peixes, ciência pesqueira e ecologia.
As postagens deste blog se destina, além de mim mesmo, a iniciantes no R e alunos da minha área de atuação.
Aprendi muito em livros e nas listas de discussão R-help e a R_STAT, mas ainda tenho muito pela frente. Agradeço desde já qualquer contribuição.

terça-feira, 25 de outubro de 2011

Avaliação do direcionamento de pescarias

Em uma pescaria é importante determinar que espécies são alvo e quais podem ser consideradas fauna acompanhante. A análise da variação do direcionamento, ou da importância relativa de uma espécie na composição das capturas, ao longo do tempo pode indicar padrões na dinâmica das frotas pesqueiras ou na abundância do recurso. O trabalho  Biseau, A. 1998. Definition os a directed fishing effort in a mixed-species trawl fishery, and its impacts on stock assessments. Aquat. Living Resour. 11(3):119-136 apresenta um método simples e objetivo para esta avaliação.

Abaixo apresento um script para a aplicação do método a partir de dados de captura total por viagem (Ti) e da captura da espécie por viagem (Tis).

# simulação de dados para rodar o script
Ti <- rnorm(1000,4000,300)
Tis <- Ti*runif(1000,0,1)
dat.biseau<-data.frame(Ti,Tis)
rm(Ti,Tis)

# aplicação do método de Biseau
# Ti é a captura total na vigem e Tis a captura da espécie na viagem
summary(dat.biseau)
dat.biseau$C<-dat.biseau$Tis/dat.biseau$Ti
dat.biseau$j<-as.integer(dat.biseau$C*100)
agg.j<-aggregate(dat.biseau$Tis,list(j=dat.biseau$j),FUN=sum)
names(agg.j)<-c("j","TC")
dat.direc <- data.frame(0:100,rep(0,101))
names(dat.direc)<-c("j","TC")
for (i in 0:100) {
ifelse(nrow(subset(agg.j,j==i,TC))==0,
dat.direc$TC[dat.direc$j==i]<-0,
dat.direc$TC[dat.direc$j==i]<-agg.j$TC[agg.j$j==i])
}
dat.direc$P <- cumsum(dat.direc$TC)/sum(dat.direc$TC)*100
dat.direc
plot(dat.direc$P~dat.direc$j,type="l",xlab="proporção da espécie na descarga da viagem (%)",ylab="descargas acumuladas (%)",xlim=c(0,100),ylim=c(0,100))


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